'ㄴ'이 첨가되는 환경은
실질 형태소와 실질 형태소가 결합되는 합성어에서입니다.
따라서 있군요에서는 어미에 조사가 결합되는 환경이기에
이에 부합하지 않아 연음 규칙이 적용되는 것입니다.

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>>김지선님 글제가 고등학생인데
책에서 있군요의 발음이 읻꾸뇨라고 하던데
왜 읻꾼뇨가 아니고 읻꾸뇨인가요?
발음이 이상한데 이게 맞는 발음이라고 하더라구요
왜 그런가요?